1941-1942
וילנה, שעד אותה התקופה הייתה תחת שלטון סובייטי, נכבשה ע"י הגרמנים ב-24 ביוני 1941, יומיים בלבד לאחר תחילת מבצע ברברוסה (תכנית הפלישה לברית המועצות). הגטו בוילנה הוקם כחודשיים אח"כ, ב-6 וב-7 בספטמבר.  החל ביולי של אותה השנה רצחו הגרמנים קבוצות גדולות של יהודים בבורות ההריגה בפונאר, על יד וילנה. עד סוף שנת 41' נרצחו בפונאר כ-40,000 יהודים.
למרות הקשיים, תחת השלטון הסובייטי, חברי התנועה ששהו בווילנה חיו בבטחון יחסי. עם הכיבוש הגרמני הם נאלצו לאמץ זהויות בדויות ולמצוא מקומות מסתור. חלק מהחברים נשארו בגטו וחלק אחר הצליחו להשיג תעודות מזויפות וגרו בצד הארי. סך הכל היו בעיר כ-60 פעילי התנועה. משה קופיטו, לצד אחרים, שמש כמקשר בין החברים בגטו לבין אלו בצד הארי. זמן לא רב לאחר הכיבוש, הוסגר משה קופיטו לידי הגרמנים כקומוניסט ע"י אחד מעובדי בית החרושת בו עבד.
באוגוסט או בספטמבר של שנת 41' נוצר קשר בין ל"מנזר האחיות הקטנות" – מנזר קטן עם תשע נזירות דומיניקניות. את הקשר יצרה יאדוויגה דודז'ץ, שהייתה פעילת הצופים הפולנים ושהייתה בקשר עם תנועת הנוער הצעיר עוד לפני המלחמה. יאדוויגה היא גם זו שספקה לחברי התנועה את התעודות האריות המזויפות. תשע הנזירות, ואם המנזר בראשן, קיבלו אליהן 17 מחברי התנועות הציוניות בווילנה. בין החברים היו שרנקה, אבא קובנר ואריה וילנר. ע"פ אבא קובנר, הרעיונות הראשונים למרד גובשו בעת השהות במנזר. לאם המנזר, אנא בורקובסקה, הוענק ב-1984 תואר אות חסידת אומות עולם.
ידיעות ראשונות על הרצח השיטתי בפונאר הגיעו אל חברי התנועה בווילנה כבר בסתיו 41'. 

1942-1943
בסוף דצמבר 41' החליטו הפעילים לעזב את המנזר ולחזר לגטו כדי להקים תנועות התנגדות. בערך באותה התקופה בינואר 1942 הוחלט ששרנקה תחזר לגטו וורשה ותצטרף שם לפעולת תנועת הנוער. לצורך החזרה לגטו שרנקה נאלצה למסור את מאיה. מאיה נמסרה לבית יתומים בווילנה ושמה שונה ליאדוויגה (Jadwiga) סוגאק (סוגאט?). שרנקה לוותה לוורשה ע"י חייקה גרוסמן, שכבר עברה מספר פעמים בין וורשה לווילנה. שרנקה חופשה לילדה וכך עברה את הגבול והוברחה פנימה אל תוך הגטו.
ע"פ עדותה של עליזה ויטיס-שומרון, התקיימה בגטו אסיפה מיוחדת בה ספרה שרנקה את הידיעות על רצח היהודים בפונאר ובשאר מזרח אירופה וכן "החלטנו למרוד ואם יחסר הנשק נירק להם בפרצוף וכך יהיה סופנו אך מעשינו לא ישכח...". שרנקה הייתה הניצוץ שהניע את מרד גטו ורשה – המרד האזרחי הראשון בעולם כנגד הנאצים. אסיפה זו, לצד אסיפות ופעולות אחרות, היוו בסיס להקמת הארגון היהודי הלוחים (אי"ל) בסוף יולי 1942. בראש הארגון עמד מרדכי אנילביץ' וסגנו היה יצחק צוקרמן.
אנשי אי"ל החלו בפעולות אלימות נגד הגרמנים ומשתפי הפעולה כבר באוגוסט 1942. מרד גטו ורשה החל בערב חג הפסח, ה-19 באפריל 1943, ונמשך כחודש, עד ה-16 במאי. ב-8 למאי התקיפו הגרמנים את בונקר המפקדה של הארגון. באותו הזמן שהו בבונקר כ-100 לוחמים ועוד כ-200 אזרחים. רב הלוחמים, בהם שרנקה ומרדכי אנילביץ', נהרגו בהתקפה זהו של הגרמנים.